В Японии неофициально запрещён ислам.
Мусульманин в принципе не может получить японское гражданство.
У мусульманина, женившегося на японке - дети не получают японское гражданство.
Мечетей в Японии нет и ставить их нельзя.

Японец перейти в мусульманство может, но это сулит ему кучу неофициальных проблем (что очень характерно для клановой Японии).

У православных и католиков, например, таких проблем в Японии нет.