Я, опять же повторюсь - человек тёмный - до сих пор не знал, откуда взялось это выражение.

Фома - это один из апостолов Христа.
Когда Христос воскрес - он принял другое обличье (по свидетельству Библии, что, вообще говоря, наводит на очевидную мысль что за Иисуса выдавал себя кто-то другой) и Фома не поверил, потребовав показать ему раны от гвоздей на руках и ногах.

Именно за это он и получил своё прозвище.

Между прочим: Требованию Фомы - было отказано. Иисус исчез и появился через семь дней, сказав что теперь можно проверять. При этом (опять же, по библейским текстам) Фома проверять не стал, а сразу бросился Иисусу в ноги, что достаточно странно, тут же на месте противоречит его только что появившейся кличке и заставляет задуматься, что такого произошло с Фомой за эти семь дней, что он вдруг стал Фомой верующим (долго ли его били ногами?).