События идут между Megami Tensei 2 и Shin Megami Tensei 2, то есть боги уже начали строить башню Миллениум (её временно называют "Вавилонской Башней"), но ещё не достроили.

Сюжета в игре практически нет. Бегаем демонбастером по руинам Токио вокруг башни, воем с ангелами и демонами. Плюс игру достаточно быстро свернули в Америке, а потом и в Японии, так что там сюжетные линии обрываются ни на чём.