Я уже подробно писал об этом. Но хочу ещё раз вот совсем кратко.
Важно - это не моя интерпретация событий. В фильме всё проговаривают очень чётко, просто и явно, но несколько через жопу, то есть чтобы понять - там надо сидеть с подстрочником и разбираться кто что кому говорит (что я и сделал).

-

Итак. Управляющая Матрицей программа называется "Архитектором". Эта программа всегда пыталась сбалансировать систему.
Однако, цитирую Архитектора: "Люди не приняли идеальный мир, всех пришлось грохнуть".
Тогда Архитектор добавил вторую программу, которая выводила систему из равновесия - Оракула (Пифию).

Общими усилиями они сделали Матрицу более правдоподобной, однако часть людей всё равно стремились сбежать, и машины им это позволили, выдав подземный город - Зион. Одновременно была сделана система агентов/охотников, которые не позволяли людям совсем уж в открытую бегать/летать где попало, и отстреливали совсем вот наглых. Агенты тоже были сбалансированы, и чем больше становилось жителей Зиона (и чем круче они были) - тем сильнее становились агенты.

Тогда Пифия, чтобы вывести систему из равновесия - создала легенду об "Избранном". Для поддержания системы она выдавала одному из людей ограниченный доступ к админке, так что он мог повышать себе параметры, взламывать окружающий мир и т.п. (В том числе управлять и некоторыми роботами вне матрицы, к примеру отключать охотников.)

Ахритектор систему снова сбалансировал и ввёл идею перезагрузки - то есть вписал "Избранного" в систему, заставив его выбирать между перезагрузкой (уничтожением Зиона) и уничтожением всех вообще людей в мире.

Пифия в ответ снова разбалансировала систему, выдав способности такому человеку, который по своему характеру никогда и ни при каких условиях не соглашался на сделку с законом, действуя даже вопреки здравому смыслу - Томасу "Нео" Андерсону.

Нео таким образом сорвал перезагрузку (сказал Архитектору: "Ну ок, убивай всех") и продолжил набирать силу.
Система автобалансировки автоматически усилила агентов, а частности - агента Смита. В конечном итоге Смит забил Пифию, сам получил через неё доступ к админке и таким образом тоже начал летать и другими способами косплеить Драгонболл. И в частности взял в заложники всех людей и потребовал, чтобы ему выдали Нео (он до конца действовал по своей программе, т.к. программа агентов - уничтожать отключившихся от матрицы людей).

Нео предложил Архитектору сделку - тот не трогает больше Зион, а в обмен Нео уничтожает Смита. Тот согласился. Нео помер в бою. Система автобалансировки автоматически понерфила Смита, т.к. со смертью Нео сила жителей Зиона упала в десятки раз. (Архитектор не допёр, что мог добиться того же самого, если бы грохнул Нео сам.)

На этом конец. Матрица снова под контролем Архитектора/Пифии. Зион вроде как свободен от атак роботов (Архитектор в конце говорит, что не нарушает обещаний, ну ок).